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在开始杀菌进热水的过程中，热水是从杀菌锅的底部进入全自动杀菌锅内的，此时杀菌锅罐体的温度是处于常温状态，热水经过管道进入杀菌锅过程中，首先接触到的是钢材，热水的温度就将会有所降低，再接触到产品时，温度将会进一步地降低，这样产品的升温时间就会加长，就会缓解了PVDC薄膜肠衣的变化过程。随着热水逐渐从杀菌锅的底部注入杀菌锅内，杀菌锅内的水位逐渐升高，在水面处首先接触到产品的那部分热水不断接触到产品，温度也会逐渐降低（虽然水温降低比重增加，但注入热水使水位升高的速度要大于冷水下降的速度），这样就延缓了火腿肠产品升温的速度，避免肠衣密封边起皱。
对于全自动杀菌锅来说，无论什么形式的加热，热分布均匀是起码的要求，我们现在在制定杀菌锅流程时，在升温阶段会有一个或是两个保温段，这个保温段的作用就是让杀菌锅内升温快的那一部分产品暂停升温、升温慢的那一部分产品继续升温，在升温过程中的这个保温段处使所有的产品温度基本趋于一致。
全自动杀菌锅的使用细节
在使用杀菌锅进行灭菌时，杀菌锅内冷空气的排除是否完全很重要，因为空气的膨胀压大于水蒸汽的膨胀压，所以，当水蒸汽中含有空气时，在同一压力下，含空气蒸汽的温度低于饱和蒸汽的温度！高压杀菌锅使用前要水加到水位线；将需灭菌的培养基、蒸馏水或其它器皿放入灭菌锅内，关闭锅盖，检查排气阀、安全阀状态（上下排气阀打开安全阀关合然后加热，方便空气排出，上、下排气阀都同时处于开启状态待有水蒸汽从上、下阀溢出，此状态保持7、8分钟后，即排出空气后上排气阀关合，下排气阀调小，安全阀保持关合状态）；打开电源，检查参数设置是否正确，然后按下“work”键，灭菌锅开始工作；自动派冷气，到105℃时，底部排气阀门自动关闭，然后压力开始上升；压力升至0.15MPa（121℃）时，灭菌锅再次自动放气，然后开始记时，一般培养基灭菌20min，蒸馏水灭菌30min。
