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选择卧式杀菌锅时一般考虑以下因素:
1.根据产品的特点,选择杀菌温度。食品杀菌大多选择高温杀菌锅，温度可以调节控制，食品温度一般在108℃，118℃，121℃等。
例如：水果罐头属于酸性食品，其PH值一般在4.5以下，故多采用沸水或沸点以下的温度杀菌，可选用水浴式杀菌锅。而肉类食品除低温储藏食品外，大多选用121℃高温高压杀菌锅。
2.根据包装的不同选择不同的杀菌方式，可以选择高温蒸汽杀菌锅、高温高压水浴杀菌锅或者喷淋调理杀菌锅。
玻璃瓶装罐头和罐装罐头，可选用饱和蒸汽杀菌锅或过热水杀菌锅。复合袋包装食品，塑料瓶装饮料，肠衣包装的高温食品，以过热水杀菌为宜。
3.根据产品品种的多少和产量大小，选择容量，单锅、上下罐双层，以及两台或多台并联式杀菌锅。
小型企业可选用单台蒸汽杀菌锅，或上下罐电加热（电汽两用）杀菌锅。大型企业则以多台单锅并联运行更为经济合理。
4.根据企业的经济能力，选择普碳钢杀菌锅，还是全不绣钢制杀菌锅，以及手动、半自动、全自动杀菌锅。
食品企业在合理选择杀菌锅时，要根据实际情况，除以上几点外，还要考虑杀菌温度的精度要求，是否需要保存历史记录，以及本公司的能源，供水供气和蒸汽的实际状况，综合考虑。或者按实际要求设计配管，更能做到经济实用，安全可靠。
卧式杀菌锅使用方法在外层锅内加适量的水，将需要灭菌的物品放入内层锅，盖好锅盖并对称地扭紧螺旋。加热使锅内产生蒸气，当压力表指针达到 33.78kPa时，打开排气阀，将冷空气排出，此时压力表指针下降，当指针下降至零时，即将排气阀关好。继续加热，锅内蒸气增加，压力表指针又上升，当锅内压力增加到所需压力时，将火力减小，按所灭菌物品的特点，使蒸气压力维持所需压力一定时间，然后将灭菌器断电或断火，让其自然冷后再慢慢打开气阀以排除余气，然后才能开盖取物。
注意事项：待灭菌的物品放置不宜过紧。必须将冷空气充分排除，否则锅内温度达不到规定温度，影响灭菌效果。灭菌完毕后，不可放气减压，否则瓶内液体会剧烈沸腾，冲掉瓶塞而外溢甚至导致容器爆裂。须待灭菌器内压力降至与大气压相等后才可开盖。
