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在开始杀菌进热水的过程中，热水是从杀菌锅的底部进入软包装杀菌锅内的，此时杀菌锅罐体的温度是处于常温状态，热水经过管道进入杀菌锅过程中，首先接触到的是钢材，热水的温度就将会有所降低，再接触到产品时，温度将会进一步地降低，这样产品的升温时间就会加长，就会缓解了PVDC薄膜肠衣的变化过程。随着热水逐渐从杀菌锅的底部注入杀菌锅内，杀菌锅内的水位逐渐升高，在水面处首先接触到产品的那部分热水不断接触到产品，温度也会逐渐降低（虽然水温降低比重增加，但注入热水使水位升高的速度要大于冷水下降的速度），这样就延缓了火腿肠产品升温的速度，避免肠衣密封边起皱。
对于软包装杀菌锅来说，无论什么形式的加热，热分布均匀是起码的要求，我们现在在制定杀菌锅流程时，在升温阶段会有一个或是两个保温段，这个保温段的作用就是让杀菌锅内升温快的那一部分产品暂停升温、升温慢的那一部分产品继续升温，在升温过程中的这个保温段处使所有的产品温度基本趋于一致。
软包装杀菌锅使用方法在外层锅内加适量的水，将需要灭菌的物品放入内层锅，盖好锅盖并对称地扭紧螺旋。加热使锅内产生蒸气，当压力表指针达到 33.78kPa时，打开排气阀，将冷空气排出，此时压力表指针下降，当指针下降至零时，即将排气阀关好。继续加热，锅内蒸气增加，压力表指针又上升，当锅内压力增加到所需压力时，将火力减小，按所灭菌物品的特点，使蒸气压力维持所需压力一定时间，然后将灭菌器断电或断火，让其自然冷后再慢慢打开气阀以排除余气，然后才能开盖取物。
注意事项：待灭菌的物品放置不宜过紧。必须将冷空气充分排除，否则锅内温度达不到规定温度，影响灭菌效果。灭菌完毕后，不可放气减压，否则瓶内液体会剧烈沸腾，冲掉瓶塞而外溢甚至导致容器爆裂。须待灭菌器内压力降至与大气压相等后才可开盖。
